<html>
  <head>
    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Dear colleagues,<br>
    <br>
    We are happy to announce a new stable release (version 2, beta 3) of
    the NeuroML language for model specification in computational
    neuroscience.<br>
    <br>
    <a class="moz-txt-link-freetext"
      href="http://www.neuroml.org/getneuroml">http://www.neuroml.org/getneuroml</a><br>
    <br>
    NeuroML allows specification of models of systems from integrate and
    fire cells up to complex 3D networks of multicompartmental neurons.
    NeuroML version 2 has been extensively redesigned to be built on a
    new language, LEMS, which allows machine readable definitions of
    model structure and dynamics. This facilitates model transparency,
    portability and code generation. LEMS and NeuroML 2 are described in
    detail in:<br>
    <br>
    Robert C. Cannon, Padraig Gleeson, Sharon Crook, Gautham Ganapathy,
    Boris Marin, Eugenio Piasini and R. Angus Silver, <b>LEMS: A
      language for expressing complex biological models in concise and
      hierarchical form and its use in underpinning NeuroML 2</b>,
    Frontiers in Neuroinformatics 2014, doi: 10.3389/fninf.2014.00079<br>
    <br>
    There are libraries for reading, writing and simulating NeuroML
    models in Java (<a class="moz-txt-link-freetext"
      href="https://github.com/NeuroML/jNeuroML">https://github.com/NeuroML/jNeuroML</a>)
    and Python. The Python APIs for NeuroML and LEMS have recently been
    described in:<br>
    <br>
    Michael Vella, Robert C. Cannon, Sharon Crook, Andrew P. Davison,
    Gautham Ganapathy, Hugh P. C. Robinson, R. Angus Silver and Padraig
    Gleeson, <b>libNeuroML and PyLEMS: using Python to combine
      procedural and declarative modeling approaches in computational
      neuroscience</b>, Frontiers in Neuroinformatics 2014, doi:
    10.3389/fninf.2014.00038<br>
    <br>
    The growing number (30+) of tools, libraries and databases
    supporting NeuroML v1 and/or NeuroML v2 are listed here:<br>
    <br>
    <a class="moz-txt-link-freetext"
      href="http://www.neuroml.org/tool_support">http://www.neuroml.org/tool_support</a><br>
    <br>
    Open Source Brain is a repository of models in computational
    neuroscience which actively supports open, collaborative development
    of models, as well as conversion to simulator independent formats
    including NeuroML (over 500 valid NeuroML 2 cells/channels/synapses
    on OSB at last count). An overview of the models currently present
    and the formats/simulators supported can be found here:<br>
    <br>
    <a class="moz-txt-link-freetext"
      href="http://www.opensourcebrain.org/status">http://www.opensourcebrain.org/status</a><br>
    <br>
    Regards,<br>
    The NeuroML development community<br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-----------------------------------------------------
Padraig Gleeson
Room 321, Anatomy Building
Department of Neuroscience, Physiology&  Pharmacology
University College London
Gower Street
London WC1E 6BT
United Kingdom

+44 207 679 3214
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:p.gleeson@ucl.ac.uk">p.gleeson@ucl.ac.uk</a>
----------------------------------------------------- </pre>
  </body>
</html>